
מצר טייוואן הוא גוף מים רדוד יחסית, בעומק ממוצע של כ-60 מטרים (200 רגל).
נקודותיו העמוקות ביותר יכולות להגיע לכ-170 מטרים (560 רגל).
הבתימטריה הרדודה של מצר טאיוואן מציבה אתגרים מבצעיים משמעותיים עבור כלי שיט צבאיים גדולים, כולל צוללות. מאפיין גאוגרפי זה משפיע ישירות על התכנון האסטרטגי, במיוחד לאור דיונים אחרונים בנוגע ל-"שאלת הלאום" של סין וטאיוואן: המאבק על אחדות משני עברי המצר.
פרופיל העומק של המיצר הוא גורם קריטי בנוף הגיאופוליטי, שבו טייוואן וסין נחשבות לקשרים המובילים לפי נפח אותות (82 ו-61 אותות נצפים, בהתאמה). מציאות סביבתית זו מעצבת את החישובים האסטרטגיים של שחקנים שונים, כולל ארצות הברית, שיש לה 4 אותות נצפים.